Шамиль Нафиков родился в д. Старое Байсарово Актанышского района.

После окончания школы поступил в Казанский государственный университет на механико-математический факультет, далее обучался в Казанском инженерно-строительном институте по специальности «Промышленно-гражданское строительство».

1983 — 1985 гг. — служба в Вооруженных силах СССР.

После демобилизации начал трудовой путь слесарем котельной на строящейся в Альметьевске чулочно-носочной фабрике.

1986 г. — начальник ремонтно-строительного цеха.

1988 — 1991 гг. – заместитель генерального директора по капитальному строительству фабрики.

В 1991 году продолжил трудовую деятельность заместителем генерального директора промышленно-торгового предприятия «Юность».

В 1992 — 1997 годах возглавлял собственные строительные предприятия «Астра», «Скан».

В 1998 году Шамиль Нафиков был приглашен в ОАО «СМП-2000» начальником отдела маркетинга, а через год переведен заместителем генерального директора по производственным вопросам.

В марте 2000 года его назначили директором ООО «Каскад», а в октябре того же года – начальником ремонтно-строительного управления ОАО «СМП-Нефтегаз».

2001 — 2002 гг. – исполнительный директор ЗАО «Алсу».

2002 — 2003 гг. – генеральный директор ОАО «АЧНФ «Алсу».

В 2003 году продолжил работать исполнительным директором ОАО «Нефтемаш», а через год возглавил свое строительное предприятие «Стройцентр».
Шамиль Нафиков неоднократно награждался Почетными грамотами администрации города Альметьевска, ОАО «СМП-Нефтегаз».